在 ZFS 上以裸机方式运行 PostgreSQL
我正在为 Atuin 搭建新的 postgres 服务器!这次我们会采用热副本(hot replica),让系统可靠得多。Atuin 在过去几年里没有出现过任何宕机或数据库问题,但我不想赌运气。
你可能也会对我为 Atuin api 镜像所做的 hetzner k3s 配置感兴趣
我一开始会做一个相当精简的配置,之后再进行调优。我不确定哪些选项最适合我的工作负载,所以先保持简单。
请注意,Atuin 的查询并不复杂。我们主要只是存储相当大量的数据,然后(大致上)按顺序读取。几乎没有连接(join),也几乎没有复杂查询。
我们经常会遇到突发情况,需要尽快写入或读取数十万乃至上百万行数据——不过这同样是相当顺序化的,完全谈不上“复杂”。
理想情况下,我们会尽可能压缩数据。虽然 Atuin 存储的大多是加密数据(这类数据压缩效果不好),但也有相当数量的未加密数据,比如 JSON 填充、时间戳等。压缩它们!这不仅能显著减少磁盘占用,还能减少 IO——代价是一些 CPU 开销。
由于我们的查询很简单,CPU 开销是可以接受的。
搭建环境
我运行在几台通过拍卖购买的 hetzner 机器上。它们配备 Ryzen CPU 和 4 块 1TB NVMe SSD。
其中两块 SSD 组成简单的 RAID 镜像,用于存放操作系统和日志。另外两块则运行我的 ZFS 文件系统 + postgres。
这让我损失了 50% 的存储空间用于镜像,不过由于这是裸机硬件,磁盘有可能发生故障。我希望确保我的数据库能继续运行,直到我切换(failover)到副本、技术人员更换磁盘为止。
# Install zfs
apt install zfsutils-linux
# check version
zfs version用 lsblk 检查你的磁盘布局
NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINTS
nvme1n1 259:0 0 953.9G 0 disk
├─nvme1n1p1 259:1 0 32G 0 part
│ └─md0 9:0 0 32G 0 raid1 [SWAP]
├─nvme1n1p2 259:2 0 1G 0 part
│ └─md1 9:1 0 1022M 0 raid1 /boot
├─nvme1n1p3 259:3 0 128G 0 part
│ └─md2 9:2 0 127.9G 0 raid1 /var
├─nvme1n1p4 259:4 0 1K 0 part
└─nvme1n1p5 259:5 0 792.9G 0 part
└─md3 9:3 0 792.7G 0 raid1 /
nvme0n1 259:6 0 953.9G 0 disk
nvme3n1 259:7 0 953.9G 0 disk
nvme2n1 259:8 0 953.9G 0 disk
├─nvme2n1p1 259:9 0 32G 0 part
│ └─md0 9:0 0 32G 0 raid1 [SWAP]
├─nvme2n1p2 259:10 0 1G 0 part
│ └─md1 9:1 0 1022M 0 raid1 /boot
├─nvme2n1p3 259:11 0 128G 0 part
│ └─md2 9:2 0 127.9G 0 raid1 /var
├─nvme2n1p4 259:12 0 1K 0 part
└─nvme2n1p5 259:13 0 792.9G 0 part
└─md3 9:3 0 792.7G 0 raid1 //dev/nvme1n1 和 /dev/nvme2n1 都已被我的操作系统占用,而 /dev/nvme0n1 和 /dev/nvme3n1 则留给了我的 zfs 镜像。
创建镜像
zpool create postgres mirror -o ashift=12 /dev/nvme0n1 /dev/nvme3n1命令很快顺利返回!
再用 lsblk 检查,可以看到一些占用
nvme0n1 259:6 0 953.9G 0 disk
├─nvme0n1p1 259:14 0 953.9G 0 part
└─nvme0n1p9 259:15 0 8M 0 part
nvme3n1 259:7 0 953.9G 0 disk
├─nvme3n1p1 259:18 0 953.9G 0 part
└─nvme3n1p9 259:19 0 8M 0 part用 zpool status 确认
pool: postgres
state: ONLINE
config:
NAME STATE READ WRITE CKSUM
postgres ONLINE 0 0 0
mirror-0 ONLINE 0 0 0
nvme0n1 ONLINE 0 0 0
nvme3n1 ONLINE 0 0 0
errors: No known data errors存储池默认挂载在 /postgres。不错!
Postgres
在设置数据集(dataset)之前,我们需要先安装 postgres。Postgres 需要在迁移到 zfs 之前先完成初始化。有点烦,但没办法。
Ubuntu 22.04 仓库中的版本相当旧,所以安装 postgres 官方源的版本
sh -c 'echo "deb http://apt.postgresql.org/pub/repos/apt $(lsb_release -cs)-pgdg main" > /etc/apt/sources.list.d/pgdg.list'
wget --quiet -O - https://www.postgresql.org/media/keys/ACCC4CF8.asc | sudo apt-key add -
apt updateapt install postgresql-16 postgresql-contrib-16
systemctl enable postgresql
systemctl start postgresql然后,停止 postgres。把它的数据移到临时位置,创建数据集,再把数据移回来。也许可以用 rsync 代替 mv/cp 来保留权限。
systemctl stop postgresql
# move postgres data to temp
mv /var/lib/postgresql/16/main/pg_wal /tmp/pg_wal
mv /var/lib/postgresql /tmp/postgresql
# create the datasets
zfs create postgres/data -o mountpoint=/var/lib/postgresql
zfs create postgres/wal -o mountpoint=/var/lib/postgresql/16/main/pg_wal
# switcharoo the data back
cp -r /tmp/postgresql/* /var/lib/postgresql
cp -r /tmp/pg_wal/* /var/lib/postgresql/16/main/pg_wal
# sort perms
chmod -R 0700 /var/lib/postgresql
chmod -R 0700 /var/lib/postgresql/16/main/pg_wal
chown -R postgres: /var/lib/postgresql
# start postgres once more
systemctl start postgresql检查一切是否正常:
zfs list
NAME USED AVAIL REFER MOUNTPOINT
postgres 600K 922G 24K /postgres
postgres/db 72K 922G 24K /postgres/db
postgres/db/base 24K 922G 24K /postgres/db/base
postgres/db/pg_wal 24K 922G 24K /postgres/db/pg_wal配置 ZFS
我读了不少资料,包括:
- https://vadosware.io/post/everything-ive-seen-on-optimizing-postgres-on-zfs-on-linux/
- https://bun.uptrace.dev/postgres/tuning-zfs-aws-ebs.html
上面其中一篇文章提到过一个问题:某些 NVMe 硬件在使用 fdatasync 时会报告写入成功,但实际上并没有正确写入。很多硬盘在数据存入易失性写缓存后就会报告写入成功,而数据实际上并未存储。用以下命令禁用此功能:
apt install nvme-cli
nvme set-feature -f 6 -v 0 /dev/nvme0n1
nvme set-feature -f 6 -v 0 /dev/nvme3n1我花了一段时间思考最优的 recordsize。如果 recordsize = postgres 块大小 = 8KB,我会获得更高的 TPS,但 Atuin 的工作负载主要是顺序读写大量数据。我可以修改 postgres 块大小(这是一个编译选项),不过我打算将来再考虑尝试。
一开始,我会尝试默认值 128K,看看效果如何。较小的数值可能更快,但较大的数值通常压缩效果更好。不过这取决于很多因素,所以我会进行测量再作判断。
# enable compression
zfs set compression=zstd-3 postgres
# disable access time (so, so many writes...)
zfs set atime=off postgres
# enable improved extended attributes
zfs set xattr=sa postgres
# zfs set recordsize=16k postgres接着我在 postgres 侧设置了 full_page_writes = off——zfs 不会写入部分页面,所以这项设置相当多余。
接下来,我们给 ARC(ZFS 页面缓存)分配系统内存的 75%。剩余部分将用于 postgres 的 shared_buffers。
echo 51539607552 >> /sys/module/zfs/parameters/zfs_arc_max要让设置在重启后仍然生效,请在 /etc/modprobe.d/zfs.conf 中设置
options zfs zfs_arc_max=51539607552Postgres 配置
这些不是 ZFS 特有的,而是一些通用的 postgres 调优
# 25% of 64GB
shared_buffers = 16GB
work_mem = 8MB
# make vaccuums/etc faster
maintenance_work_mem = 1GB
# tell the planner how much the ZFS ARC will likely cache
effective_cache_size = 48GB还有很多可以调优的地方,但说实话这些帮助最大。Postgres 默认配置的内存实在太小了!
到这里,我重启了机器,以确保一切正常且设置正确持久化。
施加负载测试
我想确保系统至少基本表现良好,所以我运行了 pgbench,结果如下
scaling factor: 50
query mode: simple number of clients: 20
number of threads: 4
maximum number of tries: 1
number of transactions per client: 100000
number of transactions actually processed: 2000000/2000000
number of failed transactions: 0 (0.000%)
latency average = 2.863 ms
initial connection time = 10.287 ms
tps = 6984.804317 (without initial connection time)还不错!虽然这并不能完全代表我的工作负载,但至少说明系统没有完全坏掉。将来我会进一步调优。
接下来
接下来我将用 pgbackrest 配置备份,并搭建一个可以随时切换过去的热备(hot standby),以备不时之需!
然后把数据集复制过去,让这个新数据库投入生产环境 🚀
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